Corte la pulpa de calabaza en dados pequeños, colóquelos sobre una hoja de papel de horno y ciérrelos en un paquete de papel de aluminio. Cocine en el horno precalentado a 180°C durante unos 25 minutos, luego triture la calabaza en la batidora hasta obtener un puré liso y cremoso.
En un bol grande, bata con las varillas eléctricas la mantequilla blanda con el azúcar hasta obtener una mezcla suave; agregue los huevos, uno a la vez, y mezcle nuevamente con las varillas. Por último, incorpore el puré de calabaza.
Tamice la harina con la levadura, la sal y el bicarbonato, luego añada los polvos al resto de los ingredientes, accionando nuevamente las varillas eléctricas durante unos segundos para que la mezcla quede bien fina.
Mantequille y enharine los moldes para magdalenas (a menos que sean de silicona o use cápsulas de papel) y vierta la masa hasta alcanzar los ¾ de cada molde.
Cocine los cupcakes en el horno precalentado a 180°C durante unos 20 minutos; de todos modos, haga la prueba del palillo antes de sacar del horno.
Mientras los cupcakes se enfrían, prepare el glaseado mezclando con una espátula de silicona el queso crema y el azúcar glas. Transfiera la mezcla a una manga pastelera con boquilla ancha y redonda y deje reposar en el refrigerador durante aproximadamente una hora.
Decore los cupcakes haciendo los fantasmas con el glaseado; coloque las pepitas de chocolate para formar los ojos y la boca y sirva.